Priv.-Doz. Dr. Thomas Kocher

Postdoc

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Wissenschaftliches Interesse

Mein wissenschaftliches Interesse gilt der Entwicklung von ex vivo und in vivo RNA- und DNA-Therapien für EB. Wir verwenden aktuelle "Gene editing" Technologien (CRISPR/Cas9 und TALEN) um EB-assoziierte Mutationen in Patientenzellen zu reparieren. Das Hauptaugenmerk liegt hierbei auf der Entwicklung und Optimierung einer effizienten und sicheren Gentherapie.
Zusätzlich arbeiten wir an der Entwicklung von verschiedensten zellulären Screening-Systemen, die wir durch CRISPR/Cas9 Ansätze gezielt herstellen, um therapeutische Substanzen und Moleküle besser testen zu können.

Persönliche Interessen

In meiner Freizeit genieße ich es möglichst viel Zeit mit meiner kleinen Familie in der Natur zu verbringen.
Meine zweite große Leidenschaft war und ist nach wie vor Fußball. Seit meinem sechsten Lebensjahr spielte ich Fußball. Viele Jahre spielte ich dabei in der dritthöchsten österreichischen Liga. Meine aktive Karriere beendete ich mit der Geburt meines zweiten Kindes.

Curriculum Vitae Thomas Kocher

Berufliche Laufbahn

Seit 2017
Postdoc im EB-Haus Austria

2013-2017
Wissenschaftlicher Mitarbeiter im EB-Haus Austria

Akademische Laufbahn

2022
Habilitation im Fach Experimentelle Dermatologie an der Paracelsus Medizinischen Privatuniversität Salzburg

2013
Dr. rer. nat., Paris Lodron Universität Salzburg
"Immune interactions in chronic lymphocytic leukemia"
Arbeitsgruppe: Univ.-Prof. Dr. Richard Greil

2008
MA rer.nat. in Genetik und Biotechnologie, Paris Lodron Universität Salzburg
"2-D Electrophoresis as a proteomic technology for the study of human skin ageing"
Arbeitsgruppe: Univ.-Prof. Dr. Johann W. Bauer

2006
Bakk. Biol. in Genetik und Molekularbiologie, Paris Lodron Universität Salzburg

Auszeichnungen und Stipendien

2021 PMU Research and Innovation Award 2021- Beste Publikation eines Erstautors
2020 Paracelsus Wissenschaftspreis in Bronze
2019 Paracelsus Wissenschaftspreis in Bronze
2018 Paracelsus Wissenschaftspreis in Gold
2017 Österreichischer Dermatologen-Preis (Unilever Preis)
2017 Paracelsus Wissenschaftspreis in Bronze
2016 ESDR Reisestipendium
2016 Paracelsus Wissenschaftspreis in Bronze
2014 Isidor Neumann Poster Preis der ÖGDV
2014 Paracelsus Wissenschaftspreis in Gold
2011 DOC Stipendium der Österreichischen Akademie der Wissenschaft

Sonstige Qualifikationen

2017 TEM-Kurs: Transmissionselektronenmikroskopie-Techniken
2015 CRCS Kurs: Erstellen eines Studienprotokolls
2015 CRCS Kurs: Submission to ethical review committee and public authority
2013 FELASA B Kurs, B413, München, Deutschland

Originalartikel

Klermund J, Rhiel M, Kocher T, Chmielewski KO, Bischof J, Andrieux G, el Gaz M, Hainzl S, Boerries M, Cornu TI, Koller U, Cathomen T. On- and off-target effects of paired CRISPR-Cas nickase in primary human cells. Molecular Therapy 2024.
Hainzl S, Trattner L, Liemberger B, Bischof J, Kocher T, Ablinger M, Nyström A, Obermayer A, Klausegger A, Gruber C, Wally V, Bauer JW, Piñón Hofbauer J, Koller U. Splicing Modulation via Antisense Oligonucleotides in Recessive Dystrophic Epidermolysis Bullosa. International Journal of Molecular Sciences 2024.
Liemberger B, Bischof J, Ablinger M, Hainzl S, Murauer EM, Lackner N, Ebner P, Kocher T, Nyström A, Wally V, Mayr E, Guttmann-Gruber C, Piñón Hofbauer J, Bauer JW, Koller U. (2023). COL7A1 Editing via RNA Trans-Splicing in RDEB-Derived Skin Equivalents. Int J Mol Sci 24(5):4341.
Zwicklhuber J, Kocher T, Liemberger B, Hainzl S, Bischof J, Strunk D, Raninger AM, Gratz I, Wally V, Guttmann-Gruber C, Piñón Hofbauer J, Bauer JW, Koller U (2023). A Novel Fluorescence-Based Screen of Gene Editing Molecules for Junctional Epidermolysis Bullosa. Int J Mol Sci 24(6):5197.
Petković I, Bischof J, Kocher T, March OP, Liemberger B, Hainzl S, Strunk D, Raninger AM, Binder AM, Reichelt J, Guttman-Gruber C, Wally V, Piñón Hofbauer J, Bauer JW, Koller U. COL17A1 editing via homology-directed repair in junctional epidermolysis bullosa. Front Med 2022, 9:976604.
Bischof J, March OP, Liemberger B, Haas SA, Hainzl S, Petković I, Leb-Reichl V, Illmer J, Korotchenko E, Klausegger A, Hoog A, Binder H-M, Garcia M, Duarte B, Strunk D, Larcher F, Reichelt J, Guttmann-Gruber C, Wally V, Hofbauer JP, Bauer JW, Cathomen T, Kocher T, Koller U. Paired nicking-mediated COL17A1 reframing for junctional epidermolysis bullosa. Molecular Therapy 2022.
Woess K, Sun Y, Morio H, Stierschneider A, Kaufmann A, Hainzl S, Trattner L, Kocher T, Tockner B, Leb-Reichl V, Steiner M, Brachtl G, South AP, Bauer JW, Reichelt J, Furihata T, Wally V, Koller U, Piñón Hofbauer J, Guttmann-Gruber C. Evaluating a Targeted Cancer Therapy Approach Mediated by RNA trans-Splicing In Vitro and in a Xenograft Model for Epidermolysis Bullosa-Associated Skin Cancer. International journal of molecular sciences 2022;23.
Kocher T, Bischof J, Haas SA, March OP, Liemberger B, Hainzl S, Illmer J, Hoog A, Muigg K, Binder HM, Klausegger A, Strunk D, Bauer JW, Cathomen T, Koller U. A non-viral and selection-free COL7A1 HDR approach with improved safety profile for dystrophic epidermolysis bullosa. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2021
Wimmer M, Zauner R, Ablinger M, Piñón-Hofbauer J, Guttmann-Gruber C, Reisenberger M, Lettner T, Niklas N, Proell J, Sajinovic M, De Souza P, Hainzl S, Kocher T, Murauer EM, Bauer JW, Strunk D, Reichelt J, Mellick AS, Wally V. A cancer stem cell-like phenotype is associated with miR-10b expression in aggressive squamous cell carcinomas. Cell Commun Signal 2020;18:61. doi.org/10.1186/s12964-020-00550-9
Kocher T, March OP, Bischof J, Liemberger B, Hainzl S, Klausegger A, Hoog A, Strunk D, Bauer JW, Koller U. Predictable CRISPR/Cas9-Mediated COL7A1 Reframing for Dystrophic Epidermolysis Bullosa. J Invest Dermatol. 2020, ISSN 0022-202X
Bornert O, Kocher T, Gretzmeier C, Liemberger B, Hainzl S, Koller U, Nyström A. Generation of rabbit polyclonal human and murine collagen VII monospecific antibodies: A useful tool for dystrophic epidermolysis bullosa therapy studies. Matrix Biology Plus 2019, 100017, ISSN 2590-0285
Kocher T, Wagner RN, Klausegger A, Guttmann-Gruber C, Hainzl S, Bauer JW, Reichelt J, Koller U. Improved Double-Nicking Strategies for COL7A1-Editing by Homologous Recombination. Mol Ther Nucleic Acids 2019;18:496-507
March OP, Lettner T, Klausegger A, Ablinger M, Kocher T, Hainzl S, Peking P, Lackner N, Rajan N, Hofbauer JP, Guttmann-Gruber C, Bygum A, Koller U, Reichelt J. Gene editing-mediated disruption of epidermolytic ichthyosis-associated KRT10 alleles restores filament stability in keratinocytes. J Invest Dermatol. 2019 Aug;139(8):1699-1710.e6. doi: 10.1016/j.jid.2019.03.1146. Epub 2019 Apr 15.
Peking P, Breitenbach JS, Ablinger M, Muss WH, Poetschke FJ, Kocher T, Koller U, Hainzl S, Kitzmueller S, Bauer JW, Reichelt J, Lettner T, Wally V. An ex-vivo RNA trans-splicing strategy to correct human generalized severe epidermolysis bullosa simplex. Br J Dermatol. 2019 Jan;180(1):141-148. doi: 10.1111/bjd.17075. Epub 2018 Oct 7.
Liemberger B, Piñón Hofbauer J, Wally V, Arzt C, Hainzl S, Kocher T, Murauer EM, Bauer JW, Reichelt J, Koller U. RNA Trans-Splicing Modulation via Antisense Molecule Interference. Int J Mol Sci 2018;19(3):762.
Kocher T, Peking P, Klausegger A, Murauer EM, Piñón Hofbauer J, Wally V, Lettner T, Hainzl S, Ablinger M, Bauer JW, Reichelt J, Koller U. Cut and Paste: efficient homology-directed repair of a dominant negative KRT14 mutation via CRISPR/Cas9 nickases. Mol Ther 2017;25(11):2585-2598.
Peking P, Koller U, Duarte B, Murillas R, Wolf S, Maetzig T, Rothe M, Kocher T, García M, Brachtl G, Schambach A, Larcher F, Reichelt J, Bauer JW, Murauer EM. An RNA-targeted therapy for dystrophic epidermolysis bullosa. Nucleic Acids Res 2017;45(17):10259-10269.
Hainzl S, Peking P, Kocher T, Murauer EM, Larcher F, Del Rio M, Duarte B, Steiner M, Klausegger A, Bauer JW, Reichelt J, Koller U. COL7A1 editing via CRISPR/Cas9 in recessive dystrophic epidermolysis bullosa. Mol Ther 2017;25(11):2573-2584.
Hüttner C, Murauer EM, Hainzl S, Kocher T, Neumayer A, Reichelt J, Bauer JW, Koller U. Designing Efficient Double RNA trans-Splicing Molecules for Targeted RNA Repair. Int J Mol Sci 2016;17(10):1609.
Tockner B*, Kocher T*, Hainzl S, Reichelt J, Bauer JW, Koller U, Murauer EM. Construction and validation of a RNA trans-splicing molecule suitable to repair a large number of COL7A1 mutations. Gene Ther 2016;23(11):775-784. *contributed equally
Peking P, Koller U, Hainzl S, Kitzmueller S, Kocher T, Mayr E, Nystrom A, Lener T, Reichelt J, Bauer JW, Murauer EM. A gene gun-mediated non-viral RNA trans-splicing strategy for Col7a1 repair. Mol Ther Nucleic Acids 2016;5:e287.
Zaborsky N, Holler C, Geisberger R, Asslaber D, Gassner FJ, Egger V, Piñón-Hofbauer J, Kocher T, Hartmann TN, Greil R, Egle A. B-cell receptor usage correlates with the sensitivity to CD40 stimulation and the occurrence of CD4+ T-cell clonality in chronic lymphocytic leukemia. Haematologica 2015;100(8):e307-e310.
Kocher T, Asslaber D, Zaborsky N, Flenady S, Denk U, Reinthaler P, Ablinger M, Geisberger R, Bauer JW, Seiffert M, Hartmann TN, Greil R, Egle A, Piñón Hofbauer J. CD4+ T cells, but not non-classical monocytes, are dispensable for the development of chronic lymphocytic leukemia in the TCL1-tg murine model. Leukemia 2016;30(6):1409-13.
Koller U, Hainzl S, Kocher T, Hüttner C, Klausegger A, Gruber C, Mayr E, Wally V, Murauer EM. Trans-splicing improvement by the combined application of antisense strategies. Int J Mol Sci 2015;16(1):1179-91.
Lutzny G, Kocher T, Schmidt-Supprian M, Rudelius M, Klein-Hitpass L, Dürig J, Wagner M, Haferlach C, Kohlmann A, Schnittger S, Seifert M, Wanninger S, Oostendorp R, Ruland J, Leitges M, Kuhnt T, Feuerstacke Y, Lampl B, Peschel C, Egle A and Ringshausen I. Protein kinase C-β dependent activation of NF-κB in stromal cells is indispensable for the survival of chronic lymphocytic leukemia Bcells in vivo. Cancer Cell 2013;23(1):77-92.
Gruber C, Koller U, Murauer EM, Hainzl S, Hüttner C, Kocher T, South AP, Hintner H, Bauer JW. The design and optimization of RNA trans-splicing molecules for skin cancer therapy. MolOncol 2013;7(6):1056-68.
Merkel O, Wacht N, Sifft E, Melchardt T, Hamacher F, Kocher T, Denk U, Hofbauer JP, Egle A, Scheideler M, Schlederer M, Steurer M, Kenner L, Greil R. Actinomycin D induces p53-independent cell death and prolongs survival in high-risk chronic lymphocytic leukemia. Leukemia 2012;26(12):2508-16.
Piñón Hofbauer J, Heyder C, Denk U, Kocher T, Holler C, Trapin C, Asslaber D, Tinhofer I, Greil R and Egle A. Development of CLL in the TCL1 transgenic mouse model is associated with severe skewing of the T-cell compartment homologous to human CLL. Leukemia 2011;25(9):1452-8.
Laimer M*, Kocher T*, Chiocchetti A, Trost A, Lottspeich F, Richter K, Hintner H, Bauer JW, Onder K. Proteomic profiling reveals a catalogue of new candidate proteins for human skin aging. Exp Dermatol 2010;19(10):912-8. *contributed equally

Übersichtsarbeiten

Kocher T, Petkovic I, Bischof J, Koller U. Current developments in gene therapy for epidermolysis bullosa. Expert opinion on biological therapy 2022:1-14.
Kocher T, Koller U. Personalisierte Therapie: Gene-Editing-Strategien für Genodermatosen. Spectrum Dermatologie 2021;01/2021
March OP, Kocher T, Koller U. Context-Dependent Strategies for Enhanced Genome Editing of Genodermatoses. Cells 2020, 9, 112.
Kocher T. ÖGDV Preisträger stellen sich vor: Der Österreichische Dermatologenpreis - Unilever Preis 2017 ging an Dr. Thomas Kocher aus Salzburg. J Dtsch Dermatol Ges 2018;16(4):529-531.
Kocher T. Spezielle CRISPR/Cas9-Technologie zur Therapie von Genodermatosen. Spectrum Dermatologie 2018;1/2018:42-43.

Buchbeiträge

Kocher T, Koller U. Advances in gene editing strategies for epidermolysis bullosa. Progress in Molecular Biology and Translational Science: Academic Press; 2021.

Sonstige

Kocher T, March OP, Bischof J, Liemberger B, Hainzl S, Klausegger A, Hoog A, Strunk D, Bauer JW, Koller U. CRISPR-Cas9-basierte Korrekturstrategie – vorhersagbare Reparaturergebnisse. Spectrum Dermatologie 2020;04/2020:62-3.